Windows版 PubMedPDF Tools インストールガイド

Windows版 PubMedPDF Tools scripts [version 1.07b-win 2004-11-12]　インストールガイド

2004-12-03: PubMedPDFにWebインターフェイスを付けるためのXOOPSモジュールが開発されました。
2004-11-12: 重大なBugを修正しました。
Unix/MacOS X版の日本語ガイドは（まだ, if ever）ありません。
Unix/MacOS X版についてはソフトウエアの詳しい解説と英語版のガイドをご利用ください。
MacOS X版では、専用のGUIアプリケーションであるiPapersとの連携もおすすめします。

PubMedPDF ToolsはPubMedで参照できる論文のPDFファイルをPubMedの論文IDをファイル名として入力フォルダに放り込んでおけば、全ての著者・出版年などで階層構造のフォルダを自動的に作り整理してくれるスクリプトのセットです。これで「持っているはずの論文がどこへ行ったか分からない」という考案者がよくおちいっていた状況は無くなりました。

[1] ActivePerl 5.8.4.810をダウンロードしてインストール

http://www.activestate.comからActivePerl 5.8.4.810をダウンロード
http://www.activestate.com/Products/ActivePerl/でDOWNLOADをクリックして次のページへ

途中でRegister画面が出ますが無視してNEXTをクリックして次のページへ

ActivePerl 5.8.4 Windows の MSIをクリックしてダウンロードして保存。

ダウンロードしたファイルをダブルクリックしてインストール開始

何も気にせず、デフォルトでインストールした方がいいです。

[2] コマンドプロンプトを起動

スタート→すべてのプログラム→アクセサリ

[3] PerlのLWP::Simple と XML::DOM パッケージをインストール
(注:この段階はインターネット接続が必要です)

コマンドプロンプトで以下を順番で入力

cd c:\

cd perl

cd bin

ppm

install LWP::Simple

search XML-DOM

install XML-DOM

q

画面上は以下のようになる。
C:\WhateverPath>cd c:\
C:\>cd perl
C:\Perl>cd bin

C:\Perl\bin>ppm
PPM - Programmer's Package Manager version 3.1.
Copyright (c) 2001 ActiveState Corp. All Rights Reserved.
ActiveState is a devision of Sophos.

Entering interactive shell. Using Term::ReadLine::Stub as readline library.

Type 'help' to get started.

ppm> install LWP::Simple
.....
Successfully installed LWP-Simple-Cookies version 0.01 in ActivePerl 5.8.4.810.
ppm>

ppm> search XML-DOM
Searching in Active Repositories
1. XML-DOM [1.43] A perl module for building DOM Level 1 compliant do
2. XML-DOM [1.43] A perl module for building DOM Level 1 compliant do
3. XML-DOM-XPath [0.05] Perl extension to add XPath support to XML::DOM, us
4. XML-DOM-XPath [0.05] Perl extension to add XPath support to XML::DOM, us
5. XML-DOMHandler [1.0] Implements a call-back interface to DOM.
6. XML-DOMHandler [1] (none)
ppm> install XML-DOM
.....
Successfully installed XML-RegExp version 0.03 in ActivePerl 5.8.4.810.
.....
Successfully installed libxml-perl version 0.07 in ActivePerl 5.8.4.810.
.....
Successfully installed XML-DOM version 1.43 in ActivePerl 5.8.4.810.
ppm>q

[4] PMIDディレクトリを作り、そこにPDFファイルを保存

コマンドプロンプトで以下を順番で入力するとC:\Reprints\PMIDというフォルダができます。

cd c:\

md Reprints

cd Reprints

C:\Reprints>md PMID

このPMIDフォルダに論文PDFファイルを保存してください。
PDFファイル名は12345678.pdfのように番号が論文のPubMed IDと一致するようにしてください。

PDFファイル保存番外編

図１：論文PDFファイルがPMIDフォルダに保存できた状態

[5] Perlスクリプトをダウンロードして保存

http://www7.bpe.es.osaka-u.ac.jp/pubmedpdf/Windows/から
pmxmlwinAU.pl, pmxmlwinJ.pl, getNewFromXxxxLab.batとupdatePDFlinks.batをダウンロードしてc:\Reprintsに保存

[6] Perlスクリプトを実行して著者別(とジャーナル別)のショートカットを作る。
(注:この段階はインターネット接続が必要です)

コマンドプロンプトを起動して以下を入力
cd c:\

cd Reprints

著者／年別のショートカットを作成するには以下のように入力
perl -w pmxmlwinAU.pl c:\Reprints\PMID c:\Reprints\authors

ジャーナル／年別のショートカットを作成するには以下のように入力
perl -w pmxmlwinJ.pl c:\Reprints\PMID c:\Reprints\journals

図２：スクリプトにより作成された著者／年別のショートカットをブラウズしている様子

[7] 上記の[6]と同じことは　updatePDFlinks.bat　を実行してもできます。
(注:この段階はインターネット接続が必要です)

必要に応じて、適当なバッチファイルをつくって[6]のPerlスクリプトを実行してください。バッチファイルのアイコンをダブルクリックで実行することもできます。
後は、新しい論文PDFファイルを追加するたびにバッチファイルを実行すれば、追加分のショートカットが作成されます。

[8] 自分のＰＣのコレクションをサーバの内容と自動的に同期させる（番外編）
(注:この段階はインターネット接続が必要です)

getNewFromXxxxLab.batはPCの論文コレクションを別のWebサーバのコレクションと同期させるバッチファイルです。サーバに新しく追加されたPDFファイルだけを取ってきます。例えば、ノートＰＣの論文コレクションを自分のデスクトップマシンや研究室サーバに同期させるのに便利です。

（サーバ側からはPDFファイルとともに "ls -1"コマンドで作成された全PDFファイルのリストがWebで提供されていることが必要です。著作権保護のためこのURLが部外者に知られないように注意してください。）

以下の (A), (B), と (C)のステップに従ってください。

(A) 以下の５つのコマンド (wget, diff, grep, cut, ls) をインストールする。

1.http://gnuwin32.sourceforge.net/packages/wget.htmのDownload Binaries Setupから
wget-1.9-1-bin.exeをダウンロードしてWget for Windowsをインストール

2.http://gnuwin32.sourceforge.net/packages/diffutils.htmのDownload Complete package,except sources Setupから
diffutils-2.8.7-1.exeをダウンロードしてGNU diff for Windowsをインストール

3.http://gnuwin32.sourceforge.net/packages/grep.htmのDownload Binaries Setupから
grep-2.5.1-2-bin.exeをダウンロードしてGrep for Windowsをインストール

4.http://gnuwin32.sourceforge.net/packages/textutils.htmのDownload Complete package,except sources Setupから
textutils-2.1-1.exeをダウンロードしてTextUtils for Windowsをインストール

5.http://gnuwin32.sourceforge.net/packages/fileutils.htmのDownload Binaries Zipから
fileutils-4.1-8-bin.zipをダウンロード
ダウンロードしたzipファイルを解凍して、binフォルダにあるファイルをすべてC:\Program Files\GnuWin32\binにコピー

......................................................

(B) 上記の GNU コマンド群の入っているディレクトリを PATH に追加する.

コントロールパネル（クラッシック表示）で　システム　＞　詳細設定　＞　環境変数ボタン（左下）を開き、
システム環境変数にある　変数　path を編集する。

C:\Perl\bin\;　の次に下記を追加する。"；" をセパレータとして使うこと。
C:\Program Files\GnuWin32\bin;
以上できたら、「OK」を押す。

......................................................

(C) 同期スクリプト getNewFromXxxxLab.bat をあなたの環境に合うように編集する。

まず getNewFromXxxxLab.batの Xxxxの部分を研究室名にする。getNewFromXxxxLab.bat をエディタでひらいて、
" http://www.mylab.abcdef.edu/myReprints" の部分（２カ所）を自分のサーバのURLにする。
（著作権保護のためこのURLが部外者に知られないように注意してください。）

[9] マウスでgetNewFromXxxxLab.batを実行する。
(注:この段階はインターネット接続が必要です)

getNewFromXxxxLab.batまたはそのショートカットをデスクトップに置き、アイコンをダブルクリックすれば自動的にコマンドプロンプトの中でバッチファイルが起動します。

[10] 毎日定時に自動的にgetNewFromXxxxLab.batを実行する設定法
(注:この段階はインターネット接続が必要です)

スタート→すべてのプログラム→アクセサリ→システムツール→タスク
スケジュールされたタスクの追加を開き、実行するプログラムとしてgetNewFromXxxxLab.batを指定して実行する時間を設定してください。

[11] 問題点など

(A) Windows XP (SP2)とWindows 2000で動作が確認されました。ただ、[10]のタスクの自動設定がうまくいきません。
（ pubmedpdf@fbs.osaka-u.ac.jp ）

(B) 会社などで、ファイアウォールの内部からプロキシを使ってWebにアクセスされている方は、システム環境変数 "HTTP_PROXY" を追加し、その値をプロキシサーバのURL (http://ourKaisha.co.jp:8000 等)に設定する必要があります。NAT等によりプロキシの必要無い方は、何もする必要はありません。環境変数の追加は上記の [8](B) にならって、行ってください。

図３：XOOPS PubMed PDF モジュール

整理されたショートカットをつくる PubMedPDF ToolsとXOOPSモジュールを同時にインストールして使用することもできます。PDFファイルを入れておくためのフォルダを２つのシステムで共有することもできます。

[13] Bug Fixes and Revision History

2004-11-12
フォルダはできるけれども、ショートカットが作成されないバグを修正しました。 The bug was that the colon character in Windows drive specifications, such as "C:\" was being filtered out. That has been fixed.